Bei einer Nahrungsmittelallergie erkennt das Abwehrsystem des Körpers bestimmte Nahrungsbestandteile (Allergene) als fremd bzw. gefährlich und setzt einen Abwehrprozess (Immun-Reaktion) in Gang. Bei jedem weiteren Kontakt mit dem Allergen wird das Immunsystem schneller reagieren. Intoleranzen gegen Nahrungsmittel können bereits nach dem ersten Kontakt auftreten, weil sie keine Immun-Reaktion darstellen.

Die häufigsten Auslöser für Allergien sowie Intoleranzen sind Laktose (15% der deutschen Bevölkerung), Nickel (10%), Fruktose (1,2%), Gluten (0,5%), und auch Lebensmittelzusatzstoffe, z.B. Farbstoffe, Emulgatoren, Säuerungsmittel, Sulfite, Geschmacks- und Aromastoffe.

Die Kennzeichnung von Allergenen in Lebensmitteln ist durch die EU-Richtlinie 2003/89/EG reguliert. Seit dem 25. November 2005 müssen die 14 bedeutendsten Auslöser von Allergien auf der Zutatenliste von vorverpackten Lebensmitteln aufgeführt werden, ganz gleich in welcher Menge sie verwendet wurden.